1994 m. spalio 5 d. potvarkiu Nr. 621 Pagirių vidurinės mokyklos bazėje leista įsteigti Nemenčinės muzikos mokyklos Pagirių filialą. Tuomet muzikos pradėjo mokytis 36 vaikai, dirbo 7 mokytojai. 2000 m. filialas įsikūrė buvusio vaikų darželio patalpose, kurios pritaikytos vaikų mokymuisi, taip pat buvo praplėstos ugdymo programos, mokinių skaičius išaugo nuo 67 iki 118 vaikų.
2009 m. birželio 12 d. Vilniaus r. savivaldybės tarybos sprendimu Nr. T3-187 nuo 2009 m. rugsėjo 1 d. Nemenčinės muzikos mokyklos Pagirių filialas tapo Pagirių muzikos mokykla. Vilniaus rajono savivaldybės tarybos 2017 m. balandžio 27 d. sprendimu Nr. T3-164 „Dėl Vilniaus r. Pagirių meno mokyklos nuostatų patvirtinimo“ muzikos mokykla tapo Vilniaus r. Pagirių meno mokykla. Buvo praplėstos įstaigos patalpos, patvirtintos naujos ugdymo programos.
Pagirių meno mokyklos tikslas – nuosekliai ir sistemingai ugdyti mokinių prigimtinius meninius gebėjimus, stiprinti įgūdžius bei plėsti muzikos ir dailės srities žinias pagal ilgalaikes formalųjį švietimą papildančio ugdymo ir neformaliojo vaikų ir suaugusiųjų švietimo programas, tenkinti vaikų meninio ugdymosi ir saviraiškos poreikius, suteikiant jiems papildomų dalykinių ir bendrųjų kompetencijų.
Mokykla yra atvira Pagirių bendruomenei, bendradarbiauja su Pagirių gimnazija, Pagirių darželiu „Pelėdžiukas“, Vaidotų darželiu-mokykla „Margaspalvis aitvarėlis“, Pagirių seniūnija, Rudaminos DKC, Vaidotų bažnyčia, Vilniaus technologijų ir žemės ūkio mokykla, Salininkų lopšeliu-darželiu, Vilniaus muzikos mokykla „Lyra“, Vilniaus B. Jonušo muzikos mokykla, Alytaus Likiškėlių pradine mokykla, Vilniaus rajono, Vilniaus miesto ir kitų Lietuvos miestų švietimo, ugdymo ir kultūros institucijomis. Vadovaujami patyrusių pedagogų ugdytiniai pasiekia puikių rezultatų rajono, apskrities, respublikos, tarptautiniuose konkursuose bei festivaliuose. Ryškus mokyklos teikiamos kultūrinės veiklos vietos bendruomenei spektras – įvairūs kultūriniai renginiai, koncertai, festivaliai, projektai, muzikinių ir liaudies tradicijų puoselėjimas.
Mokyklos filosofija. Ugdymas nėra pasiruošimas gyvenimui, ugdymas ir yra gyvenimas.
(J. Dewey)
Mokyklos vizija
Meno mokykla – harmoninga ir demokratiška meninio ugdymo institucija, teikianti plačias neformaliojo švietimo ir formalųjį švietimą papildančio ugdymo paslaugas bei suteikianti muzikinį, dailės ir meninį išsilavinimą ir pradinę meninę kompetenciją vaikams bei jaunimui, įtvirtinanti kiekvieno bendruomenės nario “mokymosi visą gyvenimą” nuostatą.
Mokyklos misija:
Teikti ankstyvąjį, pradinį, pagrindinį ir išplėstinį muzikinį bei meninį neformalųjį ir formalųjį švietimą papildantį ugdymą, sudarant sąlygas mokiniams pagal savo poreikius, gebėjimus ir galimybes įgyti kokybišką meninį išsilavinimą.
Ugdyti laisvą, kūrybingą, atsakingą ir kritiškai mąstančią asmenybę, siekiančią mokytis visą gyvenimą bei prisidėti prie Vilniaus rajono ir šalies kultūrinio, meninio augimo.
Padėti atsiskleisti gabiausiems mokiniams, rengti juos studijoms aukštosiose muzikos ir meno mokyklose.
Mokyklos prioritetai:
Ugdymo(si) kokybės tobulinimas.
Saugios mokyklos aplinkos kūrimas.
Personalo kvalifikacijos tobulinimas ir motyvavimas.
Aktyvus mokinių dalyvavimas koncertinėje, kultūrinėje ir projektinėje veikloje.
Mokyklos ryšių plėtojimas.